如果生物試驗中只涉及微生物樣品，可以使用基本類型的生物安全柜；
如果生物試驗中涉及了微生物樣品和微量化學試劑（非腐蝕性），使用裝備外排管道的安全柜是必要的。因為HEPA過濾器并不能有效過濾清除化學氣體，如果不能外排，將對實驗室內工作人員和環境造成威脅；
如果生物試驗中涉及了細胞毒素類藥物，例如各類癌癥治療藥物，使用的細胞毒素安全柜。
生物安全柜是否通過或單位之認證
生物安全柜之排氣HEPA過濾器裝設位置（側面或上方）
生物安全柜的高度（含角架之高度）
欲安裝之實驗室樓層的天花板高度
排氣HEPA過濾器是否要求加裝排氣管
生物安全柜的風車馬達是單一或兩只；馬達轉速是否可變
排氣HEPA過濾器之厚度
選定品牌型號后要考慮實驗室的環境如：
欲安裝生物安全柜之實驗室空間是否足夠
實驗室空調冷氣量是否足夠
實驗室HEPA過濾器裝設位置
實驗室設計是否適合作生物安全柜的熏蒸消毒
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