1. 取出培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開塑料包裝袋。
2. 將培養器逐個插放在不銹鋼座上。
3. 將集菌培養器的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。
4. 打開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，(若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后打開并將安瓿)樣品瓶定位。
5. 拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，開啟集菌儀，實施過濾集菌(應避免雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣)。
6. 完成集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
7. 消毒培養基瓶插針孔處。
8. 摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培養器底口上，用軟管夾子，依次開閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵入的培養器內。
9. 用夾片夾閉與培養器連接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
10. 分別按規定進行培養。
11. 觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注。
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